番茄在我國普遍栽培，但近年來隨著日光溫室設施條件的發展，經常發生番茄果實畸形的問題，據調查，早春保護地番茄畸形果的發生率一般在20%以上，高者達到單層果80%左右，嚴重影響了番茄的產量、品質，給生產者帶來了嚴重的經濟損失。
一、番茄畸形果種類
番茄畸形果是番茄果實生理病害（障礙）的一種，它是不整形果的統稱，其類型是多種多樣的，分類也各異。其中，根據番茄外果皮完整與否，將其分為兩類，一類具有完整果皮，果實呈桃形、扁形、瘤形、指形等形狀；另一類外果皮缺失一部分或大部分，果實呈裂果，大疤果或漏籽果。而根據果實外觀形狀可以分為橢圓果、鏈斑果、窗孔果、指突果、孿生果、頂裂果、混發果。
二、番茄畸形果發生原因
多數研究表明，同一品種番茄畸形果的發生原因可以分為兩個方面：一是由于苗期花芽分化和發育不正常導致的多心室型畸形果，主要是因品種的遺傳特性和營養條件的不適，造成子房心室數增多引發畸形果，如指突果、橢圓果等，二是由于果實發育過程中的不均衡導致的非多心室型畸形果，主要是坐果期使用植株生長調節劑不當造成的，如尖頂果等。
1、品種因素
番茄品種與畸形果的關系：番茄畸形果的發生與品種有一定的關系，一般認為大型果品種的畸形果較多，中小型果品種的畸形果較少。
2、苗期花芽分化和發育不良
番茄畸形果的產生主要是因為苗期花芽分化不良，導致子房心室數增多，而花芽分化正常與否，與外界環境條件、植株營養狀況等因素密切相關。
（1）溫度
番茄花芽分化與發育對溫度有一定的要求，一般來說白天溫度保持在氣溫25℃左右，夜間13~15℃，能夠滿足植株花芽分化需求。一般花芽分化前的生理分化期及形態分化初期，對6~8℃的低溫為敏感，若1天時間內遭遇8小時以上6~8℃的低溫，易發生畸形果。
其原因是花芽生理分化期如遇連續低溫，則用于呼吸作用的養分消耗減少，從而使葉中運轉到花芽中的營養物質積累，花芽營養物質變濃，使子房心皮原基的分化數目增多，心皮過度發育引起子房開裂。另一方面，低溫使發育速度減緩，心皮不能均衡發育，子房形狀異常，柱頭偏粗，形成重瓣的復合花，進而發育成畸形果。
（2）氮素較多
番茄花芽分化和發育都需要充足的養分，在花芽分化的同時，要莖葉生長發育的需要。但幼苗在花芽分化期如果肥水過于充足，過量使用氮肥，超出花芽正產分化與發育所需要量，表現為地上部分營養生長過旺，進而根冠比例失調，終致使花器畸形，番茄心室數目增多，從而形成畸形果。另外，當水肥管理不當時，如施用過多磷肥、缺鈣、缺硼等元素時，也會加劇畸形果的形成。
氮素較多和低溫脅迫都是誘發畸形果的重要因子，如果兩個因素疊加則會加重畸形果的發生。在北方春寒地區，春季提早番茄育苗期間，連續幾天的低溫寒流襲擊時有發生，容易誘發產生畸形果。
3、植物生長調節劑使用不當
為達到保花保果的效果，番茄生產過程中過多使用2,4-D或防落素等植物生長調節劑，但是使用過程中藥劑使用濃度過大、蘸花時間選取不當、溫度不合適、重復蘸花等因素，均容易形成畸形果。
三、預防產生畸形果的措施
1、選用合適品種
根據不同生長時期和地區，選擇適合品種。原則是耐低溫或高溫、弱光、綜合抗病能力強、商品性好、坐果能力強、心室數變化較小的品種。
2、控制適宜的育苗條件
一般的番茄品種，當幼苗2~3片真葉時即開始進行花芽分化，因此在育苗期間，控制適宜的育苗條件是防止畸形果的關鍵。一是培育適齡壯苗，二是幼苗出土后要控制好溫度和肥料使用，生產中避免8℃以下的低溫煉苗和多氮肥育苗。
3、幼苗管理
控制田間溫度，保持白天25℃左右、夜間13~15℃，防止長時間遭遇低溫或高溫；控制氮肥的使用，防止營養生長過旺，同時要注意補充硼、鈣等中微量元素，施用復合甲殼素有機水溶肥料，養護根系，培育健壯植株；適當澆水，避免土壤中水分發生劇烈變化。
4、及時做好疏花疏果
正常花蕾萼片數為5-7枚，萼片在9枚以上者為畸形花，應及時摘除。每穗結合蘸花疏掉每一穗中朵早開放的花，它往往被稱為“鬼花”，易形成畸形果，待每穗果坐齊后，再及時疏掉因蘸花而形成的殘花和畸形果。
5、合理使用植物生長調節劑
正確合理使用生長調節劑蘸花，能夠有效降低番茄畸形果的發生。
首先是選用適合的濃度。要根據植株的長勢，蘸花時的溫度合理配比，一般情況下，溫度高時濃度低，溫度低時濃度適當高；植株長勢旺時，濃度適當高，植株長勢弱時，濃度適當低。
其次是蘸花要選擇合適的時期和時段。一般選擇是一穗花第二朵和第三朵花花瓣完全開放，并且伸長到喇叭口時，點花為宜，點花過早易形成僵果，點花過晚會造成畸形果或裂果；選擇在晴天上午，葉片上沒有水滴時開始點花；注意點花不能重復，重復后會造成藥液濃度過高，容易產生畸形果，可在配置的藥液中加入少量的紅色顏料或墨汁做為標記。