菌肥肥料中一般都含EM菌，被稱為有效微生物菌群，是由功能各異的多種微生物組成的一種活菌制劑，對土壤惡化、連作障礙、作物的抗病抗逆能力、產量和品質等有著積極的作用。
EM菌的菌類成分及主要功能
EM菌是由光合菌群、乳酸菌群、酵母菌群、放線菌群、絲狀菌群等10屬80余種微生物組成的生物制劑。
光合菌群
①以土壤接受的光和熱為能源，將土壤中硫氫和碳氫化合物中的氫分離出來，變有害物質為物質。
②以植物根部的分泌物、土壤中的有機物、有害氣體（硫化氫等）及二氧化碳、氮等為基質，合成糖類、氨基酸類、維生素類、氮素化合物、抗病毒物質和生理活性物質等，是肥沃土壤和促進動植物生長的主要力量。
③光合菌群的代謝物質可以被植物直接吸收，還可以成為其他有益微生物繁殖的養分。
乳酸菌群
①靠攝取光合細菌、酵母菌產生的糖類形成乳酸。乳酸具有很強的殺菌能力，能有效抑制有害微生物的活動和有機物的急劇腐敗分解。
②能夠分解在常態下不易分解的木質素和纖維素，并使有機物發酵分解。
③能夠抑制連作障礙產生的致病菌增殖。
酵母菌群
①利用植物根部產生的分泌物、光合菌合成的氨基酸、糖類及其他有機物質產酵力，合成促進根系生長及細胞分裂的活性物質。
②給可促進其他有效微生物（如乳酸菌、放線菌）增殖所需要的基質，提供重要的給養保障。
③產生的單細胞蛋白是動物不可缺少的養分。
放線菌群
①從光合細菌中獲取氨基酸、氮素等作為基質，產生出各種抗生物質、維生素及酶，可以直接抑制病原菌。
②提前獲取有害病菌增殖所需要的基質，從而抑制它們的增殖，并創造出其他有益微生物增殖的生存環境。
③對難分解的木質素、纖維素、甲殼素等具有降解作用，并容易被動植物吸收，增強動植物對各種病害的抵抗力和免疫力。
④促進固氮菌和VA菌增殖。固氮菌是細菌的一科，能固定空氣中的氮素。VA菌是常見的一種和植物根系共生互惠的微生物，為作物提供多種礦質營養（尤其是磷），同時也從作物中獲得自身所需的光合產物，在植物營養、養分循環、土壤改良等方面都具有非常重要的意義。
絲狀菌群
①能和其他微生物共存，尤其對土壤中酯的生成有良好效果。
②酒精生成力強，能防止蛆和其他害蟲的發生，并可以消除惡臭。
EM菌的具體作用
改良土壤
●形成適于作物生長發育的良好環境，改良土壤結構，促進團粒化，提高土壤肥力，使土壤的滲水、保水、透氣能力增強，可逐年減少化肥、農藥使用量。
●加速土壤有機物的分解，使有效養分含量明顯增加；使土壤中有效微生物迅速繁殖和不斷補充，抑制了土壤中病原微生物的侵襲和發展。
●促進以微生物及其分解產物為食的土壤微型動物（如有益螨、蚯蚓類和甲蟲類）的數量增加，使整個耕層的微生態系統組成發生根本變化，提高了土壤生物活性和緩沖能力。
促進植物生長發育
●施用EM菌可增強植物葉片光合能力，如葉面噴施EM菌液的果樹，葉片增厚、發亮。
●EM菌可促進根系生長，花果期使用還能有效提高坐果率。
●重茬地塊施用EM菌，可明顯促進長勢，提高產量。
提升植物抗病抗逆能力
●EM菌可產生大量有益物質，如氨基酸、有機酸、多醣類、各種維生素、各種生化酶、促生長因子、和抗病毒物質等，提高作物的抗逆性。
●提高水中的溶解氧濃度，有利于根系呼吸；可提高土壤保水能力，同時可強化葉片保護膜，減少水分損失。
●抑制有害微生物的生存與繁殖，減輕并逐步消除土傳病蟲害和連作障礙。
提高作物產量與品質
●增加作物產量。研究表明，一茬作物每畝施用EM發酵稀釋液0.5~1公斤，增產幅度一般為：糧油作物增產10~20%以上，其中大豆可增產10%以上；葉菜類增產8~26%以上，塊根塊莖類增產幅度更大；瓜果類保花保果率提高40%以上。
●提高作物品質。瓜果類或果樹在施用EM菌后，單果重、含糖量等明顯提高；花卉可提前半月開花，花朵增多更鮮艷，花期延長。
●延長果品保鮮期。果樹采前噴施EM菌，不但能給葉片補充營養，還能使果實保鮮期延長。采后用EM菌稀釋液浸泡果實2分鐘，晾干再貯藏，同樣能使保鮮期延長。
抑制與消除雜草
●EM菌中的乳酸菌群合成乳酸和生理活性物質，可使雜草種子的種皮變軟，容易吸收水分，打破休眠，提前發芽，使其因無法越冬而枯死。